Turci su Sokobanju zauzeli 1398. godine, devet godina posle Kosovske bitke. Kostantin Filozof u biografiji despota Stefana Lazarevica pominje da je 1413. god. u Banji zapovednik bio turski podanik Hamza koji se odmetnuo od sultana Muse. Zbog toga je sultan Musa zauzeo grad Sokolac, a Hamzu uputio u Jedrene, gde je pogubljen. Narod je iz ovog kraja raselio i carske spahiluke.
1658. godine pominje Banju kao sediste kadiluka.
Dva puta je Banja prelazila u vlast Austrijanaca za vreme ratova 1690. i 1737. godine, a kasnije opet, pripada Otomanskoj imperiji, posto je prema Pozarevackom miru 1718. godine granica prolazila severno od Banje.
U to doba Banja je veliko i zivo mesto. Sredinom prve polovine proslog veka u Banji je bilo oko
50 srpskih i 700 turskih kuca. Srpske kuce nalazile su se oko danasnjeg Vrela i taj kraj se zvao Varos. U nizem delu naselja, blize Moravici, nalazio se turski deo naselja, podeljen na mahale. Najglavnije mahale u to doba su bile – Amam potok, Palilule i Dzamijiste. Tada je u Sokobanji bilo pet dzamija.
Prema pisanju generala Smetausa, u vreme boravka Austrijanaca 1737. godine, mesto je u doba Turaka bilo varosica sa kupatilima za koja se navodi da su lepo gradjena, ozidana mermerom i drze se vrlo cisto. Turci su dolazili u Banju sa svih strana, pa i iz daleke Azije. General Smetaus u svom zapisu navodi da su pre Turaka ovde na lecenje i oporavak dolazili jos rimski legionari, ratnici Vizantije i srednjevekovne velmoze. Danas nema tragova njihovih zgrada ni temelja srusenih gradjevina.